支援側から事業会社のWEBマーケへ転職を希望していますが、書類選考が全く通りません…事業会社で求められることとは？

まず、事業会社側はそのポジションに対して、WEBマーケティングにおけるどの様な役割や成果を求めているのでしょうか。

WEBマーケティングと一言で言ってしまいがちですが、ご存知の通り認知・集客・刈り取り・ブランディング・LPなど役割やセクションは様々で、目的に応じて手法も含めてロジカルに組み合わされて戦術化されているものの、全体的にはおっしゃる通りいわゆるWEBプロモーションの領域となります。

大手ネット専業代理店で運用型広告コンサルをやっていらっしゃるとの事ですので、想像しますには認知・集客・刈り取りの領域に主なスペシャリティをお持ちかと思いますが、いかがでしょうか。
また、担当されていたクライアントの業種・業態や案件のKGIはどの様なものでしたでしょうか？
そして、それらご自身の「再現性の高い経験・スキル」と、そのポジションに対する事業会社側の「ニーズ」とのマッチング度合いはいかがでしょうか。

もし事業会社側のニーズに、例えば「WEBプロモーション全体の設計」「デジタルマーケティング領域も含む企画」「WEB広告以外も含めたコミュニケーションプランニング」などの要望も色濃くあった場合には、WEBプロモーションにおいて限定的な役割やセクションでのご経験しかお持ちでは無い場合はマッチしてこない事も考えられます。

さらに、事業会社と広告代理店ではプロモーションやマーケティングに対する基本姿勢が異なる事から、その辺りのマインドやスタンスのマッチングという側面もあります。

大手事業会社ではWEBプロモーションでも分業化されているケースもあり、その中でご自身のご経験・スキルにマッチしたポジションはあると思いますので、そういった所からジョインしていく事もありえますので、その先のキャリア展開構想も合わせてご検討いただければと思います。