代理店側にいるべきか、事業会社のインハウスチームに転職するべきか迷っています。

2020年コロナ禍より、大手企業（メーカー）の広告運用のインハウス（自社運用）ニーズが大きく強まりました。

理由は２つ、
①コストダウン
②自社ノウハウを溜め込みKPIへの意識をより注力する

ウィンスリーの求人も大手メーカーからの求人が一気に増えてきています。

ご質問のスキル幅ですが、アパレルEC運用担当ですので、スキルは幅というより深さがつきます。
浅く広くいろいろな業界業種を支援する現時点のスキルよりも専門性がつくという意味でキャリア価値としては一般的には上がります。また、今までとは違い、数字を背負う意識への変化も事実です。
実際に事業会社採用担当が代理店出身をNG出すケースは、この意識のカルチャーギャップがあります。

代理店は、「広告運用予算を増やす」ことが売上拡大の1つ。事業会社は「限られた予算でKPIを達成する」ことです。
その専門性と意識は、次の事業会社転職の際も十分な価値として備わっているでしょう。

しかしデメリットはご懸念の給与です。
会社のビジネスモデルの違いや新卒採用文化にもより、代理店から事業会社へは給与を下げての転職が多く見受けられますので、目先のこの給与を我慢できるのであれば、事業会社への転身を強くおすすめします。
ですが現職の代理店もインハウスニーズの急増のため、数年後同じ給与を保証できるわけではありません。